Arceus está en el centro de las perturbaciones recientes en el mundo Pokémon. En primer lugar la batalla épica que amenazó con un agujero en el continuo espacio-tiempo se llevó a cabo entre Dialga y Palkia. A continuación, Giratina, el único defensor del Mundo Inverso, tuvo que tomar medidas para proteger el precario equilibrio de su casa y el mundo Pokémon. Ahora, Ciudad Michina está en el corazón de la acción. La ciudad tiene una larga y accidentada historia del pasado en relación con el poderoso Arceus. Arceus fue traicionado por Damos despues de frecerle a este la Joya de la Vida!

Ash y sus amigos, acompañados por su nuevo compañero Sheena, viajaran en el tiempo con la ayuda de Dialga para corregir los errores de los antepasados de la ciudad antes de que el mundo se derrumbe bajo el poder de la ira de Arceus. ¿Serán capaces de arreglar los errores del pasado? Realamente Damos traicionó a Arceus? Vea el sorprendente final de la trilogía, cuando todos los secretos de las dos anteriores películas se dará a conocer!