Cada año la ciudad de Alto Mare tiene una especial carrera de Pokémon de agua a través de sus canales de las calles y en esta ocasión, Ash y Misty son los principales competidores! A pesar de que no gana, Ash encuentra un lugar especial en el corazón de una niña misteriosa. Pero esta no es cualquier chica normal, que es en realidad el legendario Latias transformado!

Ash consigue adentrarse al mundo secreto de Latios y Latias, pero este mundo es pronto amenazados por dos mujeres, Annie y Oakley, que están detrás de los dos Pokémon legendarios, así como una joya misteriosa llamada Soul Dew. Estos elementos combinados les permitirá controlar una máquina de gran alcance que normalmente protege contra el peligro.